Geomorfologic, comuna Stefan cel Mare se afla situata la limita dintre Carpatii Moldovei si Subcarpatii de curbura, relief cu forme variate: de la lunca existenta pe de o parte si de alta a raului Trotus pana la culmile deluroase cu altitudini maxime de 615-690. Zona de terase are o extindere maxima de partea dreapta a Trotusului unde se gaseste marea majoritate a terenului ararbil. Zona care predomina insa terenul comunei. acoperita in cea mai mare patre de paduri, pasuni si fanete, este zona de deal. Comuna se afla situata in bazinul hidrografic al raului Trotus. in aval de confluenta sa cu raurile Tazlau si Casin. Trotusul curge pe directia NV-SE pe o albie ce atinge si depaseste cca. 100m latime, avand un curs repede cu meandre usoare in zona carora au loc activitati de depunere, eroziune si inundatii. Pe teritoriul comunei raul Trotus primeste ca afluenti pe partea dreapta paraiele Bogdana, Radeana, Garbovana si Dragusana; iar in partea stanga paraiele: Matei, Chirila si Paraul Rece. Aceste paraie au debite reduse dar permanente, cu cresteri de nivel pe timp ploios. Nivelul panzei de apa freatica variaza in functie de relief de la 100m, in lunca la 26-30m in zona de terasa. Drenajul extern este slab in lunca, in timp ce pe versant este excesiv cu o infiltratie slaba.